star-rnaseq-aligner

当需要将 bulk RNA-seq reads 比对到参考基因组、生成排序 BAM 文件与剪接位点表，以支持变异检测、IGV 可视化、deeptools 分析或 ENCODE 流程时，请使用此技能；该技能使用 STAR 进行基因组索引构建（genomeGenerate）并执行（双轮）剪接感知比对（twopass），同时输出基因计数结果，生成 Aligned.sortedByCoord.out.bam、SJ.out.tab、Log.final.out 和 ReadsPerGene.out.tab 文件；不适用于仅需转录本/基因定量而无需 BAM 文件的场景（此时应使用更快的 Salmon 伪比对），也不适用于单细胞 RNA-seq 数据（应使用 scanpy）。触发词：STAR、RNA-seq、比对、aligner、剪接位点、splice junction、BAM、基因计数、GeneCounts、二轮比对、twopass、genomeGenerate、sjdbOverhang

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