molecular-dynamics-simulation

当需要对蛋白质/小分子体系进行分子动力学（MD）模拟与轨迹分析时使用；使用 OpenMM 搭建体系并进行能量最小化、NVT/NPT 平衡与生产模拟，再通过 MDAnalysis 计算 RMSD/RMSF/接触/自由能并生成图表；不适用于量子化学/电子结构计算、对接打分（docking）或纯实验数据统计；触发词：分子动力学、MD模拟、OpenMM、MDAnalysis、RMSD、RMSF、力场、蛋白质动力学、molecular dynamics、trajectory analysis、PDBFixer

模型生成摘要（rules/v1 · 2026-11-14 13:37）：当需要对蛋白质/小分子体系进行分子动力学（MD）模拟与轨迹分析时使用；使用 OpenMM 搭建体系并进行能量最小化、NVT/NPT 平衡与生产模拟，再通过 MDAnalysis 计算 RMSD/RMSF/接触/自由能并生成图表；不适用于量子…
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v1	2026-11-14 13:37	6a0572c7	可取

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