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bio-long-read-splicing
对PacBio Iso-Seq（HiFi、Kinnex/MAS-Iso-seq）和Oxford Nanopore（直接cDNA、直接RNA、R10.4.1+）长读长RNA-seq进行可变剪接分析，实现全异构体分辨率。工具包括：FLAIR（适用于PacBio和ONT的校正/合并/定量/差异剪接分析）、IsoQuant（从头或基于注释的异构体发现，2024年SOTA方法）、Bambu（基于注释的贝叶斯发现与定量，支持新发现率评估）、SQANTI3（异构体分类：FSM/ISM/NIC/NNC + 伪迹标记）、rMATS-long（基于长读长异构体的事件检测），以及minimap2（HiFi使用-ax splice:hq；ONT cDNA使用-ax splice -k14；仅直接RNA或链特异性cDNA文库需添加-uf参数）。可解决微外显子检测、递归剪接、复杂多外显子异构体以及无转录本定量不确定性的差异转录本使用（DTU）问题。当短读长可变剪接分析的局限性（锚定长度不足、复杂异构体、微外显子、递归剪接、转录本歧义）要求必须实现全异构体分辨率时，应采用本方案。
模型生成摘要（rules/v1 · 2026-11-14 02:56）：对PacBio Iso-Seq（HiFi、Kinnex/MAS-Iso-seq）和Oxford Nanopore（直接cDNA、直接RNA、R10
这是模型对公开材料的总结，不是官方声明，请以原链内容为准。
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存档时间线
| 版本 | 存档时间 | 内容哈希 | 内容 |
|---|---|---|---|
| v1 | 2026-11-14 02:56 | 3e232d77 | 可取 |
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