bio-comparative-genomics-whole-genome-alignment

使用 Progressive Cactus（Armstrong 2020 无参考基因组支系级别全基因组比对）、Minigraph-Cactus（Hickey 2024 泛基因组感知）、LASTZ chain/net（UCSC 流程）、MUMmer4（Marçais 2018 成对比对）、minimap2 -x asm5/10/20（Li 2018 快速成对比对）、AnchorWave（Song 2022 全基因组复制感知）以及 Mauve / progressiveMauve（细菌）构建全基因组比对。操作 HAL 工具包（Hickey 2013）进行下游提取，包括 halSynteny、halLiftover、halBranchMutations 和 hal2maf。适用于构建多物种比对以进行注释投影（TOGA）、共线性检测、保守性分析（phyloP / PhastCons）或泛基因组图构建；在无参考基因组（Cactus）与参考锚定（LASTZ chains/nets）方法之间选择；针对亲缘关系较近或较远的基因组调整灵敏度；或生成用于全基因组下游工具的 HAL 文件。

模型生成摘要（rules/v1 · 2026-11-14 02:56）：使用 Progressive Cactus（Armstrong 2020 无参考基因组支系级别全基因组比对）、Minigraph-Cactus（Hickey 2024 泛基因组感知）、LASTZ chain/net（UCSC 流程）、MUM…
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v1	2026-11-14 02:56	740f80d4	可取

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