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molecular-dynamics-openmm
当需要对蛋白质/小分子体系进行经典分子动力学（MD）模拟及轨迹分析时使用；使用 OpenMM 构建体系、执行能量最小化与 NVT/NPT 平衡以及生产模拟，并利用 MDAnalysis 计算 RMSD/RMSF/接触/自由能并生成图表；不适用于量子化学/电子结构（如 DFT）、分子对接打分或纯实验数据的统计绘图；触发词：分子动力学、MD模拟、OpenMM、MDAnalysis、RMSD、RMSF、力场、PDBFixer、molecular dynamics、trajectory analysis
模型生成摘要（rules/v1 · 2026-11-13 06:55）：当需要对蛋白质/小分子体系进行经典分子动力学（MD）模拟及轨迹分析时使用；使用 OpenMM 构建体系、执行能量最小化与 NVT/NPT 平衡以及生产模拟，并利用 MDAnalysis 计算 RMSD/RMSF/接触/自由能并生成图表；不适…
这是模型对公开材料的总结，不是官方声明，请以原链内容为准。
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存档时间线
| 版本 | 存档时间 | 内容哈希 | 内容 |
|---|---|---|---|
| v1 | 2026-11-13 06:54 | f6a280a8 | 可取 |
版本索引永久保留；内容副本只保留最新 1 份，更早版本仅留索引与哈希（存档时间线的证据链不会因此断裂）。
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