alterlab-rnaseq-quant

使用 salmon（v1.11.4 选择性比对）和 kallisto（v0.52.0，kb-python 工作流）对 bulk RNA-seq 转录本丰度进行定量，构建一个感知诱饵的 gentrome 索引，运行 quant 时启用 --validateMappings --gcBias -l A 参数，然后通过 tximport/tximeta 导入估计值（需提供 tx2gene 映射），并将差异表达分析交由 alterlab-pydeseq2 处理。注意：salmon 的索引格式已更改为 SSHash（请重新构建 v1.11.2 之前的索引）；'salmon alevin' 已被移除（单细胞分析现使用 piscem + alevin-fry）。适用于 RNA-seq 转录本丰度定量、运行 salmon 或 kallisto、构建感知诱饵的索引，或将 tximport 连接至 DESeq2 的场景；差异表达分析请使用 alterlab-pydeseq2，FASTQ 到 VCF 的变异检测请使用 alterlab-nf-core-sarek。属于 AlterLab 学术技能套件的一部分。

存档时间线

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